A finalidade do Mestrado Profissional em Engenharia de Sistemas e Produtos do IFBA é fornecer ao aluno condições de desempenhar, com proficiência, atividades avançadas na indústria e iniciá-los na pesquisa aplicada. Os egressos devem ser capazes de realizar atividades de pesquisa e de aplicar consistentemente o conhecimento científico no desenvolvimento de novas tecnologias que atendam demandas emergentes da sociedade. O profissional formado por este programa deverá ainda ser capaz de elaborar projetos de novos produtos e sistemas tecnológicos, compreendendo que a fase de projeto é fundamental no processo de inovação.
O foco é o desenvolvimento de sistemas e produtos avançados, sendo estimulada a interação entre profissionais de diferentes perfis, de modo a potencializar a capacidade de inovação. Espera-se que este desenvolva capacidade de produção técnico-científica qualificada. Com o conhecimento o adquirido, o profissional com o título de mestre coloca-se no mercado.
O curso também permite um amadurecimento do egresso para atividades de ensino na graduação, existindo a atividade de estágio de docência, ressaltando que a docência não é o objetivo principal do mestrado profissional proposto.
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